Depto. Bioinrfomática

Software instalado en BIOCLUSTER4

Para hacer alguna solicitud de instalación o asesoría deberás llenar el formulario:
Formulario de solicitud
Para más información escríbenos a:
bioinformatica.cisei@insp.mx

#	Nombre	Tipo de instalación	Modo de ejecución
1	abricate	conda env	conda activate abricate
2	assemblers	conda env	conda activate assemblers
3	bacsort	conda env	conda activate bacsort
4	bakta	conda env	conda activate bakta
5	base	conda env	conda activate base
6	bcftools	conda env	conda activate bcftools
7	besst	conda env	conda activate besst
8	busco	conda env	conda activate busco
9	bwa_multiqc	conda env	conda activate bwa_multiqc
10	checkm	conda env	conda activate checkm
11	checkv	conda env	conda activate checkv
12	easyfig	conda env	conda activate easyfig
13	eukcc	conda env	conda activate eukcc
14	fasttree	conda env	conda activate fasttree
15	gtdbtk2_3_2	conda env	conda activate gtdbtk2_3_2
16	gubbins	conda env	conda activate gubbins
17	igrec	conda env	conda activate igrec
18	iqtree	conda env	conda activate iqtree
19	kleborate	conda env	conda activate kleborate
20	kraken2.1.3	conda env	conda activate kraken2.1.3
21	mash	conda env	conda activate mash
22	mashtree	conda env	conda activate mashtree
23	maxbin	conda env	conda activate maxbin
24	megahit	conda env	conda activate megahit
25	metaphlan	conda env	conda activate metaphlan
26	metaphlan_tools	conda env	conda activate metaphlan_tools
27	metawrap-env	conda env	conda activate metawrap-env
28	microbiota	conda env	conda activate microbiota
29	mob_finder	conda env	conda activate mob_finder
30	mob_suite	conda env	conda activate mob_suite
31	MOBFinder	conda env	conda activate MOBFinder
32	mobfinder_test	conda env	conda activate mobfinder_test
33	mummer	conda env	conda activate mummer
34	murcielagos	conda env	conda activate murcielagos
35	nextflow	conda env	conda activate nextflow
36	panaroo	conda env	conda activate panaroo
37	paragraph	conda env	conda activate paragraph
38	parallel-meta	conda env	conda activate parallel-meta
39	pharokka	conda env	conda activate pharokka
40	plasmidfinder	conda env	conda activate plasmidfinder
41	pling	conda env	conda activate pling
42	pling_test	conda env	conda activate pling_test
43	prokka	conda env	conda activate prokka
44	proteinortho	conda env	conda activate proteinortho
45	pyani	conda env	conda activate pyani
46	raxml	conda env	conda activate raxml
47	roary	conda env	conda activate roary
48	rsat	conda env	conda activate rsat
49	snippy	conda env	conda activate snippy
50	trim-galore	conda env	conda activate trim-galore
51	trinity	conda env	conda activate trinity
52	unicycler	conda env	conda activate unicycler
53	vcontact2	conda env	conda activate vcontact2
54	vibrant_gitversion	conda env	conda activate vibrant_gitversion
55	vibrant_v1.2.1	conda env	conda activate vibrant_v1.2.1
56	virsorter2	conda env	conda activate virsorter2
57	vRhyme	conda env	conda activate vRhyme
58	vsearch	conda env	conda activate vsearch